Die Reformation ist in Schüttorf auf fruchtbaren Boden gefallen. Als Graf Arnold 1544 beschloss, zum lutherischen Glauben zu wechseln, ging die ganze Grafschaft mit. 30 Jahre später wurde die Lehre Calvins für alle Untertanen verbindlich. 125 Jahre lang gab es für Katholiken kein Betätigungsfeld mehr. Erst 1669 fanden wieder katholische Gottesdienste statt - in der Burg Altena. Im Laufe der Zeit wuchs die katholische Gemeinde und beanspruchte eine eigene Kirche. Über finanzielle Fragen wurde lange gestritten. 1857 entschied das Hannoversche Obergericht in Osnabrück, dass das fürstliche Haus Bentheim den katholischen Pastor und den Küster nicht zu entlohnen brauche. Dafür erhielt die katholische Gemeinde ein Grundstück gegenüber dem Rathaus, um ein eigenes Pfarrhaus und eine Kirche errichten zu können. 1867 wurde der Grundstein für die Marienkirche gelegt. Das Gotteshaus entstand im neugotischen Stil, mit einer Fassade aus behauenem Sandstein.